Mas supondo que a ciência 'verdadeira' da época era defendida pela Tecnocracia e os conceitos científicos que os alemães já defendiam eram fringe science, apoiar os alemães não era apoiar teorias científicas contrárias ao que a Tecnocracia defendia até então?
Vale lembrar que os Tecnocratas não eram os únicos seres sobrenaturais que apoiavam o Terceiro Reich. Os Nephandi também estavam bem envolvidos nele (quando isso foi descoberto, ocorreu uma aliança entre a Tecnocracia e o Conselho das Tradições), assim como diversos magos tradicionais e lobisomens (muitos Crias de Fenris).
Sem contar que as política no interior do Terceiro Reich (no mundo real) era um caos ainda maior. Você tinha diversas motivações no interior do NSDP, de protestantes cristãos positivos (que excluíam os elementos judaicos do cristianismo) a ateus eugenistas, passando por místicos arianistas, cientistas com agenda política (que defendiam que havia ciências arianas e ciências judaicas, mais ou menos como era feito na URSS, mas com ciências materialistas e falsas ciências idealistas), tecnocratas (do mundo real) que queriam transformar política em um ramo de engenharia social e claro, pragmáticos políticos que só estavam ali pelo poder.
Os Tecnocratas provavelmente apoiavam o programa eugenista, a pesquisa e aplicação militar, a organização da Blitzkrieg, toda a estrutura estatal de propaganda e manipulação das massas e provavelmente o Estado do Bem Estar Social construído ali (para os alemães) - e com alguns agentes defendendo coisas como a superioridade dos cavalos arianos, a origem atlante dos arianos e companhia.
Senti só que faltou uma certa decisão sobre o que o jogo trata. Em alguns pontos os autores parecem querer jogar de tudo (Cthulhu, naves espaciais, colégios para magos, ciborgues, clones, lutas na realidade virtual, etc.) e as coisas parecem mais desconexas.
Porque são. Mago roda basicamente com base nas frases "Truth until Paradox" e tirando de AC - Nada é Verdadeiro, Tudo é Permitido.

Em algum ponto os Tecnocratas resolvem se tornar EEEEVIIILLL e deixar de lutar pelas pessoas comuns.
Foi em três momentos diferentes - quando parte da Ordem da Razão (Alta Guilda, Ksifarai e Gabrielitas) decidiu exterminar os Maçons, a Convenção que efetivamente fundou a Ordem e que lutava pelo Homem Comum. E depois disso, teve a reorganização no século XIX, que fundou a União Tecnocrática (no lugar da Ordem da Razão, que era bem menos "científica" do que a Tecnocracia) e o abandono tanto dos Electrodyne Engineers (futuros Filhos do Éter) quanto dos Adeptos da Virtualidade no começo e metade do século XX.