Macnol, a quais "ajudas do governo" você se refere? Igrejas têm imunidade a IPTU, por exemplo, mas subvenções a cultos religiosos são proibidos.
Agora, s euma igreja possui alguma ação específica que se encaixe em outras formas de atuação do Estado, aí é possível (tipo, escolas, creches, hispitais, etc.)