Nâo era tudo instântaneo, pois feitiços já existiam, mas sem a pilha habilidades em resposta podiam acabar anulando umas as outras.
Exemplo:
Você tem 1 de vida e eu tenho uma criatura que tem a habilidade vire: causa 1 de dano no jogador alvo.
Eu viro a criatura na esperança de lhe matar. Em resposta - porque efeitos instantâneos resolvem na ordem inversa, você joga raio. Então, o raio vale primeiro. Minha criatura morre. Então vem o efeito dela, mas espere ela está morta, então ela morreu antes de fazer o efeito, então não fez.
Isso na prática é uma forma de anular habilidades. Enquanto era injusto contra decks azuis que não podiam fazer isso diretamente (anulavam só mágicas - anular efeito só saiu em kamigawa) por outro lado era justo porque era pra todo mundo.
Com o conceito de pilha, a habilidade que foi ativada continua na pilha até resolver, não importa se quem gerou não está mais em jogo. Então na versão atual, você sofreria o dano e morreria, porque a habilidade ia resolver (por estar na pilha) mesmo que a criatura que gerou estar morta na resolução.
Claro que ainda é possível anular um efeito assim, mas só indiretamente.
Se eu usar uma mágica instantânea que causa 1 de dano por cada goblin em jogo e em resposta você matar/tirar todos eles de jogo, a mágica resolve, mas na prática é anulada porque quando resolver, irá contar os goblins em jogo e irá achar 0, então é quase como se fosse anulada.
Essa é a diferença de jogos sem pilha pra jogos com.