MMZ é tido como o mais difícil da série...
Na época em que joguei, ele tinha uma dificuldade diferente sim, mas não era algo necessariamente difícil. Depois de algum tempo acostumei. Achei que era apenas o senso de oportunidade ("timing") da jogabilidade diferente do usual, tipo, pular com a espada carregada e saber quando soltar o botão, pois havia um atraso ("delay") até o golpe pegar no alvo. Nas séries X, esse timing era quase imediato, mas em MMZ você tinha que calcular um pouco mais, pois podia acontecer de outro evento impedir que o golpe ocorresse (mudar de posição, ser atingido no ar, paus de sprites, etc). Como a velocidade do jogo era alterada, você acabava sendo atingido só porque tentava usar os mesmos reflexos de outros MM.
Essa questão de ser atingido também era diferente. Na série X, tanto megaman quanto Zero eram praticamente deslocados (no X5 e X6, Zero era literalmente arremessado pra trás quando atingido no ar), sendo que em MMZ, Zero continuava com praticamente a mesma inércia, sofrendo só um imapcto imediato.
Acho que a dificuldade estava mais nessa adaptação.
*comentarios aleatórios de impressão pessoal, não utilize como base para análise técnica*