Em questão de história, eu realmente curti o Final Fantasy XII. Não ter o "bem" e o "mal" me agradou bastante, já que o jogo mostra os dois lados da guerra, e as motivações de ambos.
Eu sou fã de Fatal Frame, também. Apesar de que o que frustra algumas pessoas é que a história dos personagens é fraca, já que o que interessa, de forma geral, é a do lugar, antes de virar algo mal assombrado. E, nesse ponto, acho ela muito bem contada e bem envolvente. Ir descobrindo quem são os fantasmas, o que eles faziam, como morreram, e qual a relação deles com a trama é, ao menos pra mim, muito interessante.
Falando de atmosfera, recomendo Amnesia: The Dark Descent. O jogo te envolve, e bastante, com tudo que tá acontecendo. Lembro que, por um bom tempo, eu fiquei naquela de "Is this the real life? Is this just fantasy?", porque - como protagonista -, não tem como saber se parte daquilo é delírio ou é real.
Não sei se muita gente jogou, mas tem também Resonance of Fate. O começo foi bem enjoativo, pra mim, mas conforme o jogo foi avançando, eu comecei a ficar cada vez mais curiosa sobre os detalhes daquele mundo e daquela hierarquia.
Um jogo que eu só assisti, mas gostei bastante da história, foi o Breath of Fire: Dragon Quarter.