Eltor, concordo em gênero, número e grau com a comparação de Bioshock com System Shock.
Sidney, concordo que linearidade por si só não é necessariamente um mal negócio. Tudo vai depender da proposta do jogo. Jogos do estilo "Tactics" costumam ser lineares, e nem por isso são ruins (até hoje considero Front Mission 1 de super nintendo um dos melhores do gênero).
Lu, Fallout 3 está longe de ser um bom exemplo pra contrapontuar Final Fantasy X, exatamente pelos motivos que você falou - apesar de toda a "abertura" de mundo de FO 3, sua capacidade de prover uma história interativa ao jogador ainda é muito tímida.
AGORA, se usarmos como exemplo os antigos Fallout 1 e 2, aí sim o bicho pega, porque pra cada "nó" no fluxo de sua história ele te dá pelo menos 2 escolhas distintas pra seguir, e cada uma dessas tem consequencias significativas pra continuidade da história e mundo de jogo.
Aqui, vou desenhar pra você..
Final Fantasy
Fallout 1 e 2