Cada material tem um índice de absorção de energia cinética em colisões. Alguns têm mais, outros têm menos (as bolinhas pula-pula, por exemplo, absorvem pouquíssima energia cinética, por isso quicam tanto).
Isso está relacionado, principalmente, à elasticidade (capacidade de voltar à forma original), mas há outros fatores (esponjas são elásticas, mas não são tenazes. Por isso absorvem a energia cinética).
Além disso, a resistência do ar também influencia.
Nenhum objeto tem absorção cinética nula. Não importa o material, sem auxilio externo as bolas vão parar. É até uma consequência da 2a Lei da Termodinâmica, que diz que não existe conversão de energia perfeita.
Então, não há nada de errado com seus pêndulos. O "problema" é que os pêndulos "infinitos" que vemos por aí têm auxílio externo. Geralmente são equipados com uma bateria que alimenta um eletroíma, que continua exercendo uma força nas bolas metálicas, compensando a perda na energia cinética.