O criador do jogo The World criou uma Inteligência Artificial extremamente avançada capaz de controlar toda a internet, chamada Aura. Só para que ela pudesse crescer e aprender, ela ficaria dormente, aprendendo com os jogadores e sendo supervisionada por outra IA, Morganna. Só que Morganna percebeu que quando sua tarefa terminasse, ela deixaria de existir. Para isso, passou a tentar destruir Aura, que buscou ajuda de alguns jogadores. Como Morganna conseguia controlar alguns aspectos do jogo, ela passou a atacar ativamente alguns jogadores que chegavam perto demais de descobrir a verdade, incluindo atacar ativamente a mente de alguns jogadores. Ela prendeu um jogador dentro do jogo, tentando manipulá-lo para que ele mantesse Aura dormente, mas esse plano falha espetacularmente, quando ele causa o seu despertar. Morganna fica louca e manda seus 8 programas de obtenção de dados dos jogadores (The Eight Phases of Morganna) atrás de Aura. Isso causa uma série de bugs no jogo, e quando Aura consegue a ajuda de alguns jogadores, instalando um programa de drenagem de dados, capaz de invadir dados do jogo e até mesmo a mente de uma pessoa em um PC, ela é destruida. Começa a jornada de Kite para restaurar Aura e derrotar Morganna. Para complicar, o programa, chamado de Twilight Bracelet, desenvolve uma IA malígna chamada Cubia, que passa a antagonizar também os jogadores, sendo mais violenta em seus ataques, e que cresce de poder a medida que a drenagem de dados é usada. Basicamente, esse é o plot inicial da primeira série.
Na segunda série, .Hack G.U., após um caos imenso na internet gerado pelo desaparecimento de Aura, que a essa altura comandava toda a internet, e do incêndio que destruiu os servidores da empresa, a mesma começa um esforço para recuperar partes dos dados das IAs perdidas e conseguem dar um reboot em Aina, ligam as 8 Phases a possiveis PCs no jogo e assim lançam a segunda versão de The World. Só que durante a sua existência, um vírus chamado AIDA começa a causar problemas no sistema do jogo, e um PK chamado Tri-Edge é capaz de atacar jogadores de tal forma que eles entram em coma após o ataque. Um PKK chamado Haseo tem uma amiga atacada por Tri-Edge e começa a procurar por ele incessantemente. Após encontrá-lo, ele é derrotado e tem os dados de seu personagem drenados, mas em vez de entrar em coma, retorna ao lv1. A partir dai ele passa a reconstruir seu personagem, e começa a lidar com os efeitos de AIDA, com a existência dos portadores das Phases, a verdadeira identidade de Tri-Edge e etc. As teorias dos fãs dizem que quando deram um reboot em Aura, eles acabaram trazendo Cubia de volta a vida também, mas como não havia dados suficientes para que ela se desenvolvesse, ela acabou se transformando no vírus AIDA.