Bom, Smaug,

Pelas suas respostas, você não quer fugir muito da estrutura da aventura original. Nesse caso não vejo muito como alterar o desenrolar do negócio.

Só preste atenção às DCs dos testes e, imho, não estabeleça as Skills de antemão. Deixe os personagens definirem o que querem fazer e como querem fazer (censurar um demônio/morto-vivo usando Religion, ou derrubar uma construção com Athletics, ou correr pelo campo de batalha levando suprimentos/resgatando feridos com Endurance). Como vc já tem uma estrutura na cabeça é só dar vazão à narrativa.

E, claro, saber o que acontece se os personagens falharem no SC. Pra mim, e principalmente nesse caso, o negócio tem que ser Fail Forward: mesmo que haja falha, o plot prossegue com as consequências dela, mas sem afetar a exequibilidade da cena pelos jogadores. Isso pode ser desde uma redução no número de Healing Surges do grupo (como é um encontro único, eu consideraria limitar as HS a 3~6 por personagem, sendo os mais robustos aqueles com maior número delas), ou uma penalidade em Skills (até -5) e/ou Ataques/Dano (esse deve ser no máximo um -2). Ou ainda uma condição mais "leve", como "slow", "weakened" ou "deafened", ou ainda uma penalidade em Saves, inclusive Death Saving Throws. Vai de como vc interpretar o resultado da falha (e se ela é escalonável - tipo uma falha menor, uma falha média ou uma falha maior).

Bom, só dando um feedback do que aconteceu... foi um sucesso!! Todo mundo se divertiu e saiu da mesa satisfeito. Os personagens pastaram, mas conseguiram vencer tanto o desafio de pericia quanto os combates. A dinâmica que eu adotei foi a seguinte:
Desafio de pericia de nível 2, 6 sucessos antes de 3 falhas. Cada rodada de testes era intercalada com uma rodada de combate influenciada pelos resultados conseguidos (foram bem sucedidos em posicionar os War Jacks na rodada de pericia? Podiam usar um deles no combate). E eles bolavam o que queriam fazer com cada pericia, mas haviam condições:
1º a iniciativa rolada no turno do teste de pericia era mantida na rodada de combate.
2º era preciso que 3 jogadores conseguissem ser bem sucedidos para que o grupo conseguisse um sucesso no desafio (similar ao desafio do Game Day de Dark Sun).
3º Se um jogador optasse por rolar o teste para conseguir um sucesso, não poderia, na mesma rodada, usar uma pericia secundária para anular uma falha de outro jogador. Uma pericia também não podia ser usada em rodadas seguidas (testou arcanismo nessa? Não vai poder testar na próxima). Logo tiveram que se organizar quanto a isso.
4ºHaviam 3 posições que eles podiam ocupar durante um combate: Periferia, Auge e Coração do Combate. Periferia tinha as DCs mais elevadas para os teste e ao final da rodada de testes os personagens ali perdiam 1 pulso de cura. No auge as DCs eram medianas e os personagens ali perdiam, além do pulso de cura, 6 PVs. O coração tinha as DCs mais baixas, mas os personagens ali perdiam 10 PVs e 1 pulso de cura.

Foram 5 combates (Destruir a linha de frente, Derrotar o Warlock Skorne, Proteger Alexia Ciannor e Derrotar Vinter Raelthorne) e teve uma morte, o Warlock do grupo morreu lutando contra Vinter Raelthorne, e o Gun Mage quase foi também. A Besta de Guerra Skorne (um monstro gargantua com torres de canhões nas costas) foi resolvida praticamente com testes de pericia, uma vez que o grupo, nessa altura sem poções de cura, sem pulsos de cura e com o membro mais inteiro tendo 10 PVs, não quis partir pra um combate direto.

E foi isso. Agradeço a ajuda de quem postou aqui. De longe foi uma das seções mais divertidas de RPG que eu lembro.