Pra algumas pessoas que gostam dessa questão do domínio de sistema. Pra quem não tem paciência pra isso, é um problema bem grande.
Foi uma das várias coisas que me afastou da 3e e não me permite ter grande interesse no Pathfinder.
Eu ainda acho que isso é algo inerente de qualquer RPG que permita níveis de poderes cósmicos. Ou a mecânica se torna difícil de lidar (D&D Xe, Pathfinder) ou é praticamente impossível você deduzir as consequências de atos de alto poder (Todos os RPG da White Wolf quando você passa da "Quinta Bolinha", Nobilis).
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Mutants & Masterminds e Marvel RPG são dois jogos que me vieram na cabeça quando você falou isso. E nenhum dos dois tem esse problema, mesmo seguindo filosofias de design completamente diferentes.
Sem contar que pro tipo de história (ação fantástica, bem x mal definidos, etc.) que D&D costuma servir, esse tipo de preocupação não costuma ser considerado.
Que eu me lembre, considerar tais detalhes é o que diferenciar um Herói (Normal) de um Herói Psicopata. E D&D tradicionalmente não lida com o segundo tipo, embora não seja raro haver seus momentos "Que diabos eles estão fazendo?".
Gêneros de histórias 101: Estilos e características de um gênero
Gêneros de histórias diferentes possuem características que podem ser compartilhadas ou opostas, mesmo que eles pareçam próximos. Tradicionalmente (Dragonlance, pelo pouco que eu sei de FR, etc.) o jogo divide bem e mal e não se preocupa com grandes questionamentos morais no geral (o que não exclui a possibilidade disso em algum cenário ou arco de histórias específico).
Heróis são bons, vilões são maus, A bate em B e isso não é visto como errado.
A suposição da pessoa (pelo que entendi) era usar a habilidade para destruir um local habitado por seres malignos. Logo, pela forma que D&D trata as tendências, isso não é errado. Lembrando que o BoED até defendia esse tipo de 'ataque preventivo'.
Eu não discordo que quando analisando por um ponto de vista mais realista, atacar e matar um grupo é horrível. Mas o jogo, na sua visão de bem e mal definidos e claros, permite isso dentro do gênero.
De novo, SW segue uma filosofia bem próxima e tem a mesma definição clara na maioria de suas histórias. Quando o Darth Vader destrói um planeta com rebeldes, ele é um monstro. Quando o Luke destrói uma estação orbital com milhares de pessoas, ele é um herói. É simplista, mas é esse tipo de raciocínio que SW e D&D costumam seguir.