oi galera, olha só, estou jogando em uma mesa e montei um clérigo mas sou bem lezado e não entendo mto bem o livro, estou com problemas para entender sobre as magias...

Não é preciso se ofender, esse tipo de dúvida é muito comum em jogadores de D&D 3.5, ainda mais porque ele contém alguns subsistemas de complexidade considerável (Manobra Agarrar, eu estou olhando para você). 

tipo assim, sou nivel 6 tenho sabedoria 21 com modificador 5, na tabela de magia diarias eu ganho 5 de nivel 0, 3 de nivel 1 e +1 de dominio e +1 pela tabela de bonus da sabedoria certo?

Quase - com o atributo 21, você tem 2 magias extras de nível 1 (e 1 extra de nível 2 e uma extra de nível 3). Salvo esse detalhe, está correto para as magias de nível 1.

Totalizando, no nível 6 de Clérigo você pode preparar: 5 magias de nível 1, 4 de Nível 2 e 3 de nível 3 (além das de Domínio nos respectivos Níveis).

minha duvida é quantas magia de dominio eu posso usar por dia?

Uma de cada nível de magia que pode conjurar (No seu caso, uma do nível 1, uma do nível 2 e uma do nível 3).

Se a Magia de Domínio está na lista de magias do Clérigo, ela pode ser preparada também nos slots de comuns de magia. Caso não esteja, pode ser preparada apenas no slot para Magias de Domínio.

e os "bonus" de dominios?

A menos que especificado o contrário (digamos, como a habilidade do domínio Destruição, que é utilizável uma vez por dia), são sempre ativos.

e estando nivel 6 que nivel das magias de dominio eu posso usar?

Nível 1, 2 e 3 (Vide acima).