Eu sou todo favores de deixar estética dissociada mas há alguns vários motivos para manter diferenças. Depende do estilo de jogo e propósito, mas dá para as duas coisas coexistirem.
A diferença real entre armas está ligada a proficiências e tudo mais - pra punir um jogador que não tem proficiência numa arma que encontra ou pelo oposto, pra recompensar.
Até vai mas é o menos relevante, se for.
>Escolhas e tática: como o gun falou, escolher entre uma besta ou arco(mais dano por menos disparos? Pego ambas e uso por ocasião?). Criar escolhas relevantes.
>Identificação: valiosíssimo para jogos táticos. Se o adversário usa arma X então eu preciso de algo que proteja contra o dano dela, sei que ele dará menos/mais golpes, sei quantos golpes posso tomar até morrer...
>Variações, variedade, óbvio.
Mas dá para ter o melhor dos dois mundos nesse caso. As variações e escolha por razões táticas pode permanecer ao escolher qual crunch para sua forma predileta de arma e os jogadores podem ser exceção a regra. Eu por exemplo deixo livre coisas como 'minha arma predileta, que herdei' ou qualquer coisa similar.
Dano=Tamanho é surreal, não tornaria mais prático aplicar algo assim e só adicionaria menor realismo sem nenhum ganho por isso. Bem pelo contrário, principalmente considerando quem goste de armas pequenas.
Eu prefiro armas com alguma diferença de dano mas onde a arma é o menos relevante, maior parte do dano vindo do personagem e situação. E prefiro status especiais como diferenciação entre categorias de armas(como o brutal que falaram) do que diferenças em stats.