O primeiro jogo que me vem à mente nesse sentido é o FFVI. A parte da ópera, história pessoal do Shadow e do Gau, um dos únicos vilões da história dos videogames que tem SUCESSO nos seus planos malucos... Pra um jogo de 199X, a história era extremamente profunda e difícil de não achar interessante.

Gosto bastante de Seiken Densetsu 3, Front Mission (o remake de DS em especial, que tem uma storyline só pra USN que saiu pela primeira vez no remake de PSX!), Chrono Trigger (senti arrepios quando o Frog recupera a Masamune e a utiliza pela primeira vez!)... Tudo bem que tem um nostalgia factor bem grande em relação a esses jogos, mas a história deles mostra que o sucesso deles é bem merecido!