Arcade, você não disse, mas todo o resto do post dá a entender que a falta de objetividade é algo que fez você se frustrar com dois cursos universitários distintos e desmerecer as ciências humanas como charlatanismo baseado em autoridade e má apropriação do método científico - ou seja, com certeza não é algo que é bem visto por você. Por isso o questionamento.
Defina "negros e pardos". Esse é o cerne da questão. A questão não é se a medida é justa ou não, isso não deveria sequer ser discutido até que alguém apresente algum método de se "diagnosticar" a "raça" ou cor das pessoas (fato, aliás, cuja ausência os senhores ministros atropelaram sem nenhum pudor).
A cor da pele das pessoas é o critério primário, já que a própria sociedade se utiliza do mesmo, independente de métodos científicos ou não, para tratar mal as pessoas baseadas em preconceitos. Sobre a associação entre índios e civilização, prefiro não comentar essa generalização meio grotesca que você fez.
Sobre as cotas, a Unicamp realizou estudo independente envolvendo todos os seus cursos em relação ao PAAIS (que dá pontuações adicionais no vestibular para pertencentes a minorias e pessoas em condição socioeconômica inferior), e o resultado foi o mesmo: aqueles que ganharam esse bônus tem desempenho acadêmico melhor em praticamente todos os cursos (fontes:
http://www.comvest.unicamp.br/paais/artigos.html).