Assim que descobre que passou para a próxima fase do exótico torneio, Samus recebe a mensagem no computador de bordo: "Seu próximo desafiante é Neo, você deverá encontrá-lo na Terra", e  prontamente dirige sua nave em direção a Terra. Por não ser um planeta integrante da Federação Galáctica, a caçadora de recompensas esperava achar um mundo de baixa tecnologia, e se surpreendeu imensamente ao encontrar um mundo dominado por máquinas, em um ambiente completamente desolado. Quando achou Neo, o mesmo estava a bordo do Hovercraft Nabucodonosor, sendo perseguido por um número significativo de sentinelas. Samus imediatamente avança sobre os sentinelas, e combinando suas forças, ela e a tripulação da nave do adversário logo destroem as máquinas-polvo.

Findo este primeiro momento, os dois combatentes se encontram pela primeira vez. Antes da batalha, Morpheus e Trinity explicam a importância do escolhido para a humanidade, na tentativa de convencê-la a desistir do combate. Mas Samus sabe que os outros desafiantes não darão colher de chá ao ex-programador, e se é para ele ser derrotado, é melhor que seja por ela, que poupará sua vida. Além disso, o prêmio do torneio é alto demais para ser simplesmente ignorado.

A tripulação concorda em não interferir, e os dois se dirigem aos esgotos, onde apertam as mãos. Assim que o combate inicia, rajadas de tiros tomam conta do cenário velho e carcomido. Na matrix Neo é o maior guerreiro existente, mas Samus não nasceu na Terra, e por isso nunca foi plugada ao mundo virtual. No mundo real ele não é veloz o suficiente para desviar de todos os tiros, e logo recebe uma rajada de plasma no braço esquerdo, o que por si só já é suficiente para amputá-lo. Mas Neo não seria o escolhido se seus poderes se restringissem à Matrix: vendo que não há escolha, larga a arma e estende a mão em direção a Samus, na tentativa de exercer controle sobre a armadura da caçadora. O imenso esforço do herói surte efeito, e Samus logo começa a sentir dificuldades em controlar seu corpo metálico.

A surpresa é substituida pela dor quando os circuitos internos começam a entrar em curto, os choques sendo suficientes para fazê-la ter mini-convulsões. O movimento impróprio de uma perna da armadura chega a desloca todos seus ossos. Neo só a solta após ter certeza que a armadura foi completamente inutilizada. Mas Samus ainda está consciente, e sai de dentro da armadura para combatê-lo em uma luta corpo a corpo. O combate é deplorável, um deles sem um braço e a outra com uma dor lacerante na perna, além de ambos estarem fisicamente esgotados.

É Samus que finaliza o duelo. Sem que Neo perceba, ela retira uma bomba do traje jogado no chão (das mesmas que gosta de utilizar quando está no formato de Morph Ball) e a ativa manualmente. Quando o escolhido menos espera, a bomba plantada numa das paredes explode, tirando sua atenção por tempo suficiente para que Samus desfira um golpe letal em sua cabeça. O homem cai, perdendo a consciência.

Samus Aran termina por vencer a luta, e vai para as finais. Mas independente de quem for seu adversário, não há tempo de consertar sua armadura. A jovem já está quase resignada ao fato de que será massacrada na próxima etapa do torneio, quando Morpheus menciona o óbvio: nem Batman nem o Dr. Manhattan foram desconectados da Matrix. É lá que o combate acontecerá, e lá ela poderá arranjar uma armadura novinha em folha. E após a promessa de que ajudará a humanidade a se livrar da opressão das máquinas, o próprio Neo dá sua palavra de que a treinará no ambiente virtual, aumentando consideravelmente suas chances.