Em um conflito direto "lado A lutando contra o lado B" eu imagino que o grupo tenha políticas específicas para evitar este tipo de situação.

Agora, é possível que isto aconteça em situações mais complexas, ou onde haja alguma mudança repentina do conflito, como A estar lutando contra força misteriosa que no final se revela sendo a B. O protocolo provavelmente envolve parar o conflito e entrar em contato com a Formicarium para decidir o que fazer, mas comunicação pode demorar ou nem estar disponível, então cabe aos comandantes locais tomarem a decisão por conta própria.

Mesmo isso significando trair o contrato e possivelmente não serem pagos...?

Sim, segundo a política/filosofia dos líderes da Myrmidon, assim como estão dispostos á estragar uma missão se em troca conseguirem um artefato poderoso.

Se houvesse uma torre-hierárquica de objetivos em missão, "evitar perda desnecessárias" e "adquirir items maneiros" estariam um pouco acima de "cumprir a missão dada", que por sua vez estaria uma dúzia de andares acima de "questões éticas".

O grupo pelo que você descreve preza mais as relações pessoais e membros do que cumprimento do serviço?
Isso pode afetar a reputação, embora seja perfeitamente compreensível uma política anti-fogo amigo...

Eu pretendo desenvolver mais sobre a filosofia do grupo num post futuro, mas por enquanto podemos saber que a Myrmidon surgiu como um refúgio para párias e/ou indivíduos extraordinários, e até hoje eles se esforçam para manter valores de lealdade e familiaridade entre os membros. A morte de pessoal em combate é uma perda aceitável, mas que ainda tentam diminuir através de treinamento e drones-formigas (citados na historinha inicial do último post, e que também vão ser desenvolvidos em breve). A Myrmidon também está num ponto no mercado mercenário (por serem os maiores fornecedores de agentes com poderes maneiros) em que podem lidar facilmente com alguma perda de reputação e dinheiro.

Maaaaas, grupos em missão possuem uma autonomia maior que esquadrões de outros grupos militares, onde espera-se que o comandante tome decisões por conta própria sem estar preso á hierarquias estritas. Então este tipo de situação sugerida pode depender mais da atitude do grupo em si do que a dos senhores do Formicarium.

mas é só um devaneio

Continue, e chame amigos, isto afia o sonho.